ManualFrameAlignment es una pequeña utilidad que permite hacer un alineado manual inicial no muy preciso de los fotogramas de un video. Este alineamiento manual puede facilitar en gran medida que otros programas como Registax sean capaces posteriormente de conseguir un alineamiento mucho más preciso de los fotogramas, evitando la aparición de muchos artefactos típicos cuando se usan videos muy mal alineados.
Este programa ha sido creado pensando específicamente en vídeos de la Luna en los que, por motivos de unas malas condiciones atmosféricas (viento, mal seeing) los fotogramas se "bambolean" e impiden hacer un alineamiento automático de calidad. ManualFrameAlignment no pretende ser una utilidad con grandes funcionalidades sino realizar exclusivamente la tarea para la que ha sido originalmente ideado.
Su funcionamiento es bastante sencillo. Se parte de un directorio que contiene los frames del video (en formato PNG, TIF o JPG) y un directorio destino donde se almacenarán los frames alineados. El programa presentará una ventana con el primer fotograma. El usuario debe centrar el cursor del ratón sobre alguna característica de la primera imagen (un cráter, por ejemplo). El programa comienza a mostrar sucesivamente los distintos frames del video y el usuario debe seguir con el ratón la característica en la que se fijó en el primer fotograma. Una vez recorrida toda la lista de fotogramas el programa realineará los distintos fotogramas de acuerdo con los desplazamientos del ratón que el usuario haya realizado.